Es mejor tener una Partición NTFS que una FAT por las siguientes razones:

Mayor integridad de los datos.
Cifrado de Archivos que le dará mayor seguridad a tus datos.
Permisos de archivos individuales en vez de solo otorgárselo a una carpeta.
Mayor seguridad a Nivel local.

Almacenamiento Remoto.
Evitaras escribir largas cadenas de cero en los archivos de gran tamaño con los Archivos Esparcidos que el NTFS asigna en la partición del disco duro.
Registro de recuperación de las actividades realizadas en el disco duro.
Cuotas de discos duros, que son las que se utilizan para supervisar y controlar la cantidad de espacio en disco empleada por los usuarios.
-Mejor Escalabilidad de las Unidades, NTFS soporta unidades con mayores capacidades de almacenamiento que FAT.
Si se aumenta el tamaño de la Unidad no baja el rendimiento de la Unidad con NTFS caso contrario con FAT que si disminuye el rendimiento de la Unidad.
FAT32 no admite dominios.
-admite tamaños mayores a 2TB(2000Gb) pero creando conjuntos de Volúmenes.

administrador-de-discos