Convertir una partición FAT16 o FAT32 a NFTS no es tan difícil.

Sigue los siguientes pasos:

Si tienes aplicaciones abiertas o estas ejecutando alguna deberás cerrarlas antes de iniciar el proceso de conversión.

1) Te vas a Inicio y luego a Ejecutar; luego digita cmd y luego darás Enter; con esto accederás a la línea de comandos MS-DOS.
2) Luego en la línea de comandos digitaras: convert X: /FS:NTFS (donde x es la letra de la unidad a convertir), y al dar un Enter comenzará el proceso de conversión.
3) Como siguiente paso es recomendable reiniciar el sistema y No debes realizar ninguna otra operación durante la conversión para evitar problemas en el sistema.

OJO: hay que tener muy en cuenta que no debes de estar corriendo ninguna aplicación o programa, ya que afectaría en el proceso de conversión.

Y como recomendación, si tienes información importante en la partición que deseas convertir lo primero que debes de hacer es tener un respaldo o Backup de los datos.