Estos Virus infectan tanto los Registros de arranque como los Archivos de programa dentro de un ordenador por lo que Son más difíciles de eliminar.

Con este tipo de virus se tiene que tener un mayor cuidado ya que si se limpia el área de arranque, pero no los archivos, el área de arranque volverá a infectarse o viceversa.

Algunos ejemplos de virus múltiples son:

One_Half, Emperor, Anthrax y Tequilla.